La chiesa di Sant'Antonio Abate sorge al limite tra la città vecchia e quella nuova, nel luogo dei resti dell'antica torre di Pharat e di Baych e una delle nove porte urbiche dell'antica fortificazione muraria araba, la porta detta "Bab-al bahr" o Porta di Mare, poi chiamata Porta Patitelli durante la dominazione normanna. 

La chiesa venne costruita durante la dominazione normanno-sveva, la prima notizia della sua edificazione è datata 1220, quando venne trasferita in essa la prerogativa di parrocchia dalla chiesa di San Cataldo. Alla chiesa venne affiancata una torre campanaria finanziata probabilmente da Manfredi Chiaramonte il Vecchio e realizzata tra il 1302 e il 1313, in origine per scopi civici, tant'è che sulla sua sommità venne posta la campana del Senato palermitano che aveva eletto la chiesa a propria cappella istituzionale.

In epoca rinascimentale, tra il 1516 e il 1536, l'intera chiesa venne ricostruita per opera dell'architetto Antonio Belguardo, in questa occasione la struttura normanna, pianta a forma greca, venne mantenuta ma ingrandita fino a toccare la torre. Successive modifiche alla chiesa si ebbero in seguito al terremoto del 1823 che provocò seri danni alla struttura, in particolare alla zona presbiteriale e a quella absidale, determinando la chiusura della chiesa fino al 1833. Altra trasformazione si ebbe con la costruzione dell'asse viario di Via Roma a partire dal 1884. 

Sono diversi gli artisti che dalla metà del Cinquecento e nell'Ottocento abbellirono la chiesa dal punto di vista pittorico e plastico. Di Antonino Gagini (figlio di Antonello Gagini, maestro marmoraro) è l'icona rappresentante il "Santissimo Sacramento", realizzata tra il 1551 e il 1561. Oggi si trova smembrata nelle sue parti ma in origine essa era collocata nell'abside centrale ed era composta nella parte centrale dal Tabernacolo al cui sopra sta il calice e l'ostia, attorno angeli adoranti. Al di sopra un baldacchino incorona la Colomba dello Spirito Santo. Ai lati le scene della Passione di Cristo secondo il Vangelo di Matteo. Il complesso oggi si trova collocato nella Cappella del Sacramento e in origine era attorniato dalle figure dei Santi Pietro e Paolo (oggi poste in esterno) e in alto da due statue di Sant'Antonio in due momenti salienti della sua vita: la conversione (ricoperto di pelli) e le insegne abbaziali (oggi poste in esterno della casa canonica). Di Vito D'Anna è la tela rappresentante il "Battesimo di Cristo", realizzata nel 1756 e posta alle spalle del Battistero, opera di Filippo Pennino (1756) su disegno di Ignazio Marabitti. Di Gaspare Bazzano, meglio noto con l'appellativo dello Zoppo di Gangi è la tela raffigurante Sant'Antonio secondo l'iconografia tradizionale che vede il santo in abito monacale, la barba, il libro delle Scritture, il bastone culminante con il Tau, il fuoco ai piedi e alle sue spalle scene di alcune sue tentazioni. L'opera pittorica più antica della chiesa è la "Madonna delle Grazie", in ardesia, ritenuta miracolosa e oggetto di culto. in origine posta in esterno della chiesa dei Padri Scalzi della Mercè e qui spostata nel 1665 per preservarla dalle intemperie.

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La torre di Sant'Antonio fu edificata nel 1302-1313 da Manfredi Chiaramonte il Vecchio, sul luogo della più antica torre di Pharat, ormai in stato di rudere. A pianta quadrata, era ben più alta in origine, constava di ulteriori tre piani, usata come torre civica, alla sua sommità stava la campana senatoria, fusa nel 1379 e udibile da ogni parte della città. Il suo rintocco richiamava non solo i fedeli ma anche i cittadini ogni qual volta si teneva il Consiglio del Palazzo Senatorio e l'adunanza del Parlamento Siciliano. L'orologio posto al secondo livello, è costituito da un disco di marmo bianco raffigurante il sole con i numeri e le lancette in bronzo segnava ogni ora e in special modo le due di notte quando la popolazione non poteva più camminare armata per la città. Ai lati di esso, trovano posto gli araldi del Senato palermitano e quello dei Chiaramonte. All'altezza attuale fu ridotta nel 1595, in seguito alle lamentele degli abitanti della zona per le oscillazioni della torre dovute al forte vento e alla pesantezza della campana.